Erik Allardt blev professor i sociologi vid Helsingfors universitet 1958. Samma år gav han med Yrjö Littunen ut en lärobok i sociologi som kom att få bred användning i Norden. Han deltog i arbetet i den internationella forskningskommittén för politisk sociologi, bildad 1959. Den kom att få stor betydelse som grogrund för nya teorier. Allardt arbetade nära kommitténs drivande kraft, Stein Rokkan, men också bl.a. Shmuel Eisenstadt. Med Eisenstadt delade han intresse för samband mellan institutionella och kulturella förändringar liksom ett intresse för motstridiga tendenser. Allardt visade hur samhällsomvandling kan skärpa motsättningar men också hur utanförskap kan övervinnas. Hans forskning bidrog till att lösa upp frusna konfliktlinjer och skapa ett nytt offentligt klimat i Finland samt en insikt om betydelsen att integrera landets stora kommunistiska rörelse i det politiska livet, något som president Kekkonen i ett tal 1967 med hänvisning till Allardt beskrev som landets viktigaste utmaning. Ett annat fält för Allardts forskning var jämförande välfärdsstudier. Han framhöll, liksom forskningen i Sverige, vikten av att mäta levnadsnivåer. Men han betonade även upplevelser av livskvalitet och lycka och föregrep därmed senare decenniers forskning om värden och lycka. Ett tredje intresse har gällt studiet av språkliga minoriteter, ett fjärde universitets- och vetenskapshistoria, bl.a. samhällsvetenskapernas historia i Finland 1828-1918 (1997). Allardt var ordförande för centralrådet vid Finlands Akademi 1986-1991 och kansler för Åbo Akademi 1992-1994. Han ingick i styrelsen för European Science Foundation 1987-1992 och var 1988 med om att grunda Academia Europaea.
Hans insats för att främja nordisk forskning, bl.a. genom översiktsartiklar i internationella tidskrifter, var enastående.
Han blev hedersdoktor vid Stockholms och Uppsala universitet (1978 resp. 1984). Finlands president tilldelade honom 1995 den hederstitel som kan innehas av högst12 inhemska forskare, nämligen Akademiker.