Stefan Björklund sökte sig efter genomgången värnplikt och reservofficersutbildning till historiska institutionen vid Uppsala universitet, där han genomgick forskarutbildning, disputerade för doktorsgraden och utnämndes till docent.
Stefan Björklund kom tidigt att intressera sig för principiella och grundläggande problem inom högre utbildning och forskning. Den intresseinriktningen var ett av motiven till att han sökte tjänsten som rektor för den unga Högskolan i Örebro, som han tillträdde år 1978 och innehade i fem år. Han utnämndes efter den tiden till planeringschef och vice universitetskansler vid Universitets- och högskoleämbetet.
När myndigheten omorganiserades återvände Stefan Björklund till Uppsala och anställdes vid den statsvetenskapliga institutionen, som han förblev trogen till sin emeritering. Hans idéhistoriska intresse och hans ovanligt djupa och breda beläsenhet kom till uttryck i flera grundliga och idérika böcker om samhällsteoretiska tänkare som John Locke, Adam Smith och Karl Popper. Sitt intresse för akademiska organisations- och ledningsfrågor manifesterade han i flera skrifter. Särskilt kom hans bok ”En författning för disputation” att bli mycket läst och respekterad i högskolevärlden.
Stefan Björklunds erfarenhet av ledningsfrågor kom under bådas våra rektorsperioder att i flera sammanhang bli en stor tillgång i hanteringen av svåra administrativa ledningsproblem. Hans klara analytiska förmåga, men också hans rakryggade hållning kom till stor användning i råd och dåd. Han hade bland annat en ovanlig förmåga att lyssna och var städse en mycket uppskattad samtalspartner. Vi uppskattade båda i hög grad hans eftertänksamma klokhet.