Peter Beyerhaus föddes 1929 i Neuenkränich, Mark Brandenburg (nuv. Kranic Gorny i Polen). Hans far var aktiv inom Bekännelsekyrkan, den del av den evangeliska kyrkan som i kamp med den nazifierade kyrkoledningen verkade för att bevara kyrkans identitet.
Peter fick uppleva hur hans far modigt trädde upp offentligt mot en nazistisk agitator. I gymnasiet fick Peter en livsavgörande upplevelse. Han och en romersk-katolsk kamrat var de enda som vågade ta debatt med en nazistisk lärare. Ur denna gemensamma kamp växte fram en samhörighet, som höll hela livet, över konfessionsgränserna. Detta kom att prägla Peters vision: Bekännelseekumenk.
Han disputerade för Bengt Sundkler i Uppsala 1956. I Sverige fann han också sin hustru Ingegärd Kalén från Tingstad. Han blev promoverad till jubeldoktor i Uppsala 2007. 1955 prästvigdes han i Berlin av Otto Dibelius och verkade sedan bland annat som präst i Linköpings stift samt som missionär i Sydafrika. 1965 blev han professor i Tübingen. Hans ämne var missiologi.
Peter Beyerhaus hade i hög grad vänskapens gåva. Bland hans vänner fanns Joseph Ratzinger; de var båda professorer i Tübingen samtidigt och höll kontakt även sedan Ratzinger blivit påve. Det internationella kontaktnätet blev värdefullt när den internationella sammanslutningen av bekännelsegemenskaper bildades 1969. Barndomens och ungdomens erfarenheter av en totalitär stat gav honom redskap att förstå mycket av det nutida samhället. Hans vän Walter Künneth talade om Den andra kyrkokampen. Beyerhaus var inspiratören till Frankfurter Erklärung om den kristna missionen. Den fick ett internationellt gensvar och ledde fram till Lausanne-rörelsen. Kritiskt granskade han genderteologin. Peter Beyerhaus fullföljde sin fars kamp för kyrkans identitet.
Sverige var viktigt för Peter Beyerhaus. Han tillbringade varje sommar i Norra Sandsjö på det småländska höglandet, där han tillhörde kretsen kring Hjelmserydsstiftelsen.