Vägen till att utse den nya ordföranden har tidvis varit dramatisk. Enligt Lissabonfördraget, som trädde i kraft 2009, ska ländernas stats- och regeringschefer – de som utser kommissionen – "ta Europaparlamentets vilja i beaktning" när de väljer kommissionsordförande.
Och nog bejakade parlamentets ledamöter sina möjligheter att få ett finger med i spelet. Till sist var det Europaparlamentet som valde kommissionens nya ordförande. De politiska grupperna har lyft fram och kampanjat för sin egen respektive kandidat. Den kristdemokratiska samlingsgruppen blev störst i årets europeiska parlamentsval, och ansåg sig därför ha rätten att utse Juncker till posten.
Detta fick den brittiske premiärministern David Cameron, som har fullt upp med att tampas med EU-kritiker på hemmaplan, att ta till strid då Juncker är en uttalad EU-federalist. Tysklands förbundskansler Angela Merkel sitter i kollationsregering med det socialdemokratiska partiet, som ställt sig positivt till att EU-parlamentet utser kommissionsordförande. Merkel kunde inte göra annat än att stödja Juncker. Särskilt inte med tanke på att Tyskland inte kan förmå Storbritannien att ta kommandot över EU-skutan. Det hade knappast sett bra ut inför de tyska väljarna.
Valet av ordförande till EU-kommissionen har upprört röster även på svensk mark. Feministiskt initiativs EU-parlamentariker Soraya Post fick utstå hård kritik av de egna supportrarna efter att hon röstat ja till den konservative Juncker – av, menade hon själv, strategiska skäl. Vänsterpartiet, vars parlamentariker tryckte på nej-knappen, är i smyg säkert glatt över Posts beslut. Nu äntligen kan vänsterpartister kritisera Fi och försöka ta tillbaka de väljare som gått från rött till rosa.
Att nationella frågor och strider genomsyrar EU-frågor är uppenbart. Vad partier gör i EU-parlamentet får konsekvenser för inomnationella angelägenheter. Det är ett tecken på diskrepansen mellan vad EU borde vara och ofta är – en union med syfte att främja samarbete och konsensussökande – och vad EU ibland är och uppfattas vara – en plats för politiska boxningsmatcher, svårtolkade fördrag och korridorsbeslut.
Uppgörelsen mellan regeringschefer och Europaparlamentariker om var makten att utse kommissionsordförande ligger, samt de förras behov av att visa sig vara handlingskraftiga ledare inför sina nationella väljare, skymmer de utmaningar som EU står inför. Huruvida Juncker kommer att lyckas samla ett Europa, där tanken om en gemensam framtid ifrågasätts av höger- och vänsterpopulister såväl som konservativa grupperingar, återstår att se. Steget till det federala Europa Junker vill se är långt.