Läget är nu mer oklart än någonsin. Den nuvarande kommissionen under Romano Prodi sitter tills vidare kvar. Barroso själv är redan vald av parlamentet till ordförande i den nya kommissionen och kommer därför att fortsätta sitt arbete. Han har nu åtminstone några veckor på sig att förändra sitt förslag i samråd med EU-ländernas regeringar. Det blir ett väldigt förhandlande.
Sannolikt innebär detta att den omstridde Rocco Buttiglione försvinner, eftersom det antyds att Italiens premiärminister Silvio Berlusconi numera har tagit sin hand ifrån honom. Alla blir då glada, eftersom det var sällsynt omdömeslöst av Berlusconi att föreslå Buttiglione.
Eftersom EU-parlamentet nu har skrämt upp de europeiska regeringarna kanske något land ändrar sitt förslag till kommissionär. Barroso kommer möjligen också att tänka om när det gäller fördelningen av poster i kommissionen.
Om detta innebär att den nya kommissionen blir mer kompetent än den som Barroso först föreslog och dessutom får starkare stöd från parlamentet, så desto bättre. Men det innebär inte att den konstitutionella krisen är över. Parlamentet har tagit sig mer makt än EU:s författning avsett. Drabbade av detta är i första hand kommissionen och särskilt då José Manuel Barroso personligen, vars position nu försvagats avsevärt. Det finns enligt förbundskansler Gerhard Schröder en risk för att kommissionen blir handlingsförlamad.
Delvis har Barroso sig själv att skylla. Det var ingen hemlighet att Rocco Buttiglione var särskilt olämplig som kommissionens "justitieminister" med ansvar för bland annat flyktingpolitik och mänskliga rättigheter. Trots det envisades Barroso med att vilja behålla Buttiglione på just denna post. Och när Barroso gjorde ett sista framträdande för att försvara sitt val inför parlamentet lyckades han reta upp många ledamöter med sin aggressiva stil.
Först i går tycks han ha förstått att parlamentets majoritet menade allvar och framträdde då med all den ödmjukhet och hänsyn till parlamentets åsikter som han borde ha visat långt tidigare.
Ett segerrusigt parlament lyckönskar sig nu till att ha utökat sin makt och visat att man bestämmer över kommissionen. Man kan, som den danske parlamentarikern Poul Nyrup Rasmussen, säga att det är ett genombrott för europeisk demokrati. Man kan med lika stor rätt säga att parlamentet har flyttat tyngdpunkten i det system för maktdelning som hittills gällt för EU.
EU är både överstatligt och mellanstatligt. Mellanstatligt, därför att medlemsländernas regeringar i de flesta viktiga frågor har det avgörande inflytandet. Överstatligt, därför att parlamentet väljs i allmänna val i alla medlemsländer. Kommissionen är en sorts regering, men inte en parlamentarisk regering, för då skulle EU vara en stat.
Parlamentet har rätten att avsätta kommissionen, men bara hela kommissionen, inte enstaka kommissionärer, vilket man nu ändå försökte göra. Om detta nu blir ny praxis, kan parlamentet i framtiden få för sig att rösta bort kommissionärer med "fel" åsikter. Då skulle till exempel den mäktiga konservativa gruppen kunna rösta bort Margot Wallström för att hon är socialdemokrat. Öppnar man för detta måste man gå hela vägen och skriva om EU:s författning.
Verkligt pikant är att socialdemokrater, vänsterpartister, miljöpartister och junilistan ville rösta nej till Buttiglione. Därigenom skulle man förstärka just det överstatliga draget i EU och göra unionen mer lik den superstat man alltid annars så hårt kritiserar. Att många i den liberala gruppen, som strävar efter att göra unionen mer överstatlig, avsåg att rösta nej är däremot helt logiskt.
Den svenska regeringen med Göran Persson i spetsen brukar numera betona att man helst ser EU som en mellanstatlig organisation, enbart styrd av medlemsstaterna. I så fall borde man ju respektera den italienska regeringens förslag till kommissionär och rösta ja till Buttiglione.
Vad som nu har hänt är att det överstatliga parlamentet underkänt den italienska regeringens förslag och stärkt sin makt på regeringarnas bekostnad. Vad det betyder för framtiden kan ingen säga i dag.
När EU:s regeringschefer möts den 5 november har man mycket att diskutera, inte minst den konstitutionella kris som EU befinner sig i. Genom Barrosos räddningsaktion i sista minuten är läget inte riktigt så kaotiskt som det hade varit om han envisats med att lägga fram sitt förslag i går och få det nedröstat.
Men det är komplicerat nog ändå.