Nu protesterar lantbrukare runt sjön mot att vissa marker kommer att bli oanvändbara. Åsa Wolgast, agronom på LRF (Lantbrukarnas riksförbund) är en av dem som driver frågan mot Stockholms stad som har ansvaret för regleringen vid Slussen i Stockholm.
– Vi har under flera års tid fört en dialog om det här. Det första förslaget var oändligt mycket sämre, men även det nuvarande förslaget blir väldigt kännbart för dem som har låglänta marker, säger hon.
Kenth Johansson och Lars Fredriksson är två av de lantbrukare som använder betesmark kring Hjälstaviken, utanför Enköping. De kor och köttdjur som betar runt viken hjälper till att hålla det vackra landskapet i naturreservatet öppet. Betet är ganska magert, men i gengäld har lantbrukarna fått EU-bidrag som kompensation för naturvården.
– Ökar de vattenståndet får vi inte mycket betesmark kvar. Och har vi ingen betesmark så har vi dels ingenstans att ha djuren, dels försvinner EU-bidraget. Det blir en dubbel förlust för vår gård, säger Kenth Johansson.
Hans familj har haft djur på gården i flera generationer.
– Jag tycker förstås inte att det här är något vidare. Det kanske inte blir lönsamt att ha djur längre och vad det gäller åkermarken kommer det att ta längre tid för den att torka upp om våren, säger Kenth Johansson.
Bakgrunden till att vattenståndet kommer att höjas med cirka fyra centimeter under vår och sommar är att man vill skydda dricksvattnet för 2 miljoner invånare och samhällsfunktioner som tunnelbanan, vägar och flygplatser från större översvämningar. När jordens medeltemperatur höjs så värms havsvattnet upp och jordens landisar smälter. På så sätt höjs också havsvattennivån och om inget görs kommer för mycket saltvatten att tränga in i Mälaren. I värsta fall kan Mälaren på nytt bli en havsvik av Östersjön.
– Samtidigt har vi det besvärligt redan i dag under blöta somrar, säger Lars Fredriksson.
Enligt SMHI måste avtappningskapaciteten byggas ut oavsett om klimatet ändras eller inte. Sommartid handlar det kommande beslutet om att höja vattennivån. På vintern gäller det motsatta. Regleringen ska gälla från att den prövats i domstol fram till år 2050 och sedan måste ett nytt tillstånd prövas. Översvämningar anser flera myndigheter kan sänka kvalitén på dricksvattnet genom att det finns många reningsverk, enskilda avlopp, miljögifter i industrimark, jordbruksmark, avföring från betesdjur med mera runt Mälaren. Vid större översvämningar finns därför stor risk för att skadliga ämnen förs ner i dricksvattnet.
– Man måste vara ovanligt framsynt i de här frågorna. Vattenverk i Mälaren har redan haft problem med att vattnet varit missfärgat och innehållit ohälsosamma alger då vattenståndet har varit högt och mycket organiskt material från naturen med mera har förts ut i sjön, säger Gunilla Lindgren på länsstyrelsen i Uppsala län.
Samtidigt håller hon med om att många lantbrukare drabbas orimligt hårt av regleringen. Utöver lantbrukarna vid Hjälstaviken beräknas ytterligare många tusen hektar låglänt jordbruksmark runt Mälaren drabbas.
– Det måste till någon form av stöd eller intrångsersättning åt dem som drabbas. Så har man gjort i tidigare fall vid bland annat Tämnaren, nordväst om Uppsala, säger Gunilla Lindgren.
Hon säger att de flesta är överens om att en vattenreglering av Mälaren måste ske, men att det fortfarande råder oenighet om när man ska tappa ur och när man ska tappa i mer vatten.
Gunilla Lindgren är även oroad över att Uppsala län ännu inte har tagit tag i de framtida vattenförsörjningsfrågorna på samma sätt som Stockholms län.
– Det här är superviktigt, men förvånansvärt eftersatt i vårt län. De grusåsar som många får sitt vatten ifrån här är också känsliga system. Vi borde göra en plan så att exempelvis våra stora grusuttag inte ödelägger den framtida vattentillgången, säger Gunilla Lindgren.