Det var vid 16.46 på torsdagen som räddningstjänst larmades om olyckan.
Enligt Trafikverket drabbade detta tågtrafiken på sträckan Stockholm - Västerås och vidare mot Örebro och Hallsberg och omvänt.
Först vid 19-tiden ska tågen ha börjat rulla igen på sträckorna.
Samtidigt som tågen stod stilla i Enköping meddelade UL på sin hemsida om flera inställda avgångar. Orsaken ska ha varit spårhinder i Uppsala, vilket medförde att Upptågen stod helt stilla under delar av kvällen.
Tågen ska nu ha börjat rulla igen, men enligt UL är kraftiga följdförseningar att vänta.