Förseningarna rör främst Upptåget mellan Sala och Uppsala samt fjärrtågen mellan Stockholm och Falun/Mora.
Anledningen till förseningarna är ett befarat spårfel.
Vid 19-tiden fanns ingen prognos för när trafiken kan återupptas i normal kapacitet.
Enligt Trafikverket är reparatör under kvällen på plats för felsökning och reparation.
Vid 22.15-tiden var tågtrafiken igång igen, om än i begränsad omfattning.
Enligt Lennart Hellsing, presskommunikatör vid Trafikverket råder fortsatta förseningar under kvällen.
- Men från och med i morgon torsdag ska allt fungera igen, säger Lennart Hellsing.