Mannen, som är i 40-årsåldern, ska enligt uppgift ha hamnat under det ena hjulet när traktorn av okänd anledning kommit i rullning. En annan person fick dock syn på vad som hade inträffat och kunde slå larm.
Han fördes svårt skadad i ambulanshelikopter till Akademiska sjukhuset. Händelsen, som är rubricerad som en arbetsplatsolycka, inträffade inne på en gård strax före 11-tiden på söndagsförmiddagen.
- Det var en hemsk olycka. Vi har spärrat av platsen och inväntar tekniker från Arbetsmiljöverket, säger Lars Eskhult, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
Enligt polisen finns inga misstankar om brott.
Vid Akademiska sjukhuset meddelade man på söndagseftermiddagen att mannens tillstånd är stabilt och att hans skador inte är livsthotande.