En förbipasserande slog larm om olyckan vid 00.05 natten till fredag.
- Det finns inget vittne till själva olyckan men det rör sig om någon form av avåkning. Föraren var inte vid medvetande när ambulansen förde honom till sjukhus, säger Marcus Svensson, vakthavande befäl vid polisen i Uppsala.
Polisen har tagit motorcykeln i beslag för en teknisk undersökning.
På fredagseftermiddagen meddelade polisen att föraren, en man i 25-årsåldern, avlidit.
Anhöriga är underättade.