Avgångar till Stockholm är för närvarande inställda.
Orsaken var att en lastbil körde in i en järnvägsbro i Norrviken mellan Häggvik och Rotebro.
Enligt Trafikverket ska det dröjande stoppet ha berott på att man inväntat en brospecialist som bedömde omkonstruktionen av både spåret och bron.
Det är oklart hur många tåg som blev stillastående till följd av stoppet i tågtrafiken, men resenärer tampades med försenade avgångar under fredagseftermiddagen.
Det är andra dagen i rad som tågtrafiken stoppas mellan Stockholm och Uppsala till följd av att en lastbil kört in i bron i Norrviken. Under fredagen handlade det om en kran på en lastbil som kraschat in i fundamentet, enligt Stockholmspolisen.
Ingen skadades i samband med att lastbilen körde in i bron, men chauffören har fått böter eftersom han inte tog hänsyn till den skyltade maxhöjden.