Ett spårfel i Knivsta gjorde att pendeltågen samt fjärr- och regionaltågen söder om Uppsala blev försenade på upp till en timme.
Senare under fredagskvällen uppstod ett annat omfattande signalfel söder om Tierp, närmare bestämt i Skutskär, som påverkar tågen norr om Uppsala mot Gävle.
Även tidigare i veckan föranledde ett signalfel i Skutskär förseningar.
Trafikverket uppmanar berörda resenärer att ta kontakt med sitt tågbolag vid eventuella frågor.