Fyra av sex undersökta områden får underkänt i en ny rapport.
Kritiken mot skolan gäller hur man arbetar med extra anpassningar och särskilt stöd, bedömning och betygssättning, arbete mot kränkande behandling och hur skolan styrs.
– Vi har just fått beslutet. Därför är det för tidigt att säga exakt vilka åtgärder vi ska sätta in. Men en åtgärdsplan kommer att tas fram så att vi skyndsamt kan åtgärda bristerna, säger utbildningsnämndens ordförande Björn-Owe Björk (KD).
Skolan har tidigare fått kritik från bland andra föräldrar till barn som haft svårt att nå målen. Det är också känt att Thunmanskolan har haft en stor omsättning på rektorer de senaste åren.
– Jag har fått signaler om att de genomsnittliga meritvärdena på skolan är på väg upp igen sedan förra årets svacka, men skolan har ett ansvar för att alla elever klarar sig så bra som möjligt, inte bara att snittet är högt. Det är förstås något som borde gjorts tidigare, efter de första signalerna kommunen fick, säger Björn-Owe Björk.
I Skolinspektionens intervjuer pekas rektorsbytena och dåligt stöd från elevhälsan ut som två orsaker till problemen. Men elevhälsoteamet uppger i sin tur att alla lärare inte genomför extra anpassningar i den ordinarie undervisningen.
När det gäller bedömning och betygssättning så får vårdnadshavare och elever information om kunskapsutvecklingen bara av lärare i vissa skolämnen.
Och om personal får kännedom om att ett barn utsatts för kränkande behandling så finns ingen rutin för att alltid informera rektor om det. Även styrningen och utvecklingen av skolan får kritik.
Men Björn-Owe Björk tror inte att rektorskrisen på skolan ligger bakom allt.
– Just nu har skolan en ny, fast anställd rektor, som tyvärr blivit sjukskriven men som vi hoppas kommer tillbaka snart.
Senast 25 augusti ska Knivsta kommun ha åtgärdat bristerna på skolan enligt Skolinspektionens föreläggande.
– Vi kommer att ta tag i frågan på en gång. Det som är positivt är att skolan inte har fått någon kritik på de två punkter som handlar om undervisning och lärande samt om förutsättningar för lärande och trygghet, säger Björn-Owe Björk.