Felet inträffade vid strax efter klockan 17 på söndagen då det enligt Trafikverket blev fel i ett ställverk längs rälsen.
Det var till en början oklart när felet skulle vara avhjälpt.
- Vi vet fortfarande inte när trafiken kan komma igång igen. Så länge vi inte hittat felet så kan vi inte åtgärda det. Det kan ta åtgärdas direkt eller ta längre tid, beroende på felet, sade Katarina Wolffram på Trafikverkets pressjour, vid 18-tiden på söndagen.
Stoppet påverkade SL-pendeln mellan Uppsala och Stockholm samt fjärrtåg mellan Stockholm och Arlanda/Märsta.
Vid 18.20-tiden meddelade Trafikverket att felet var avhjälpt men att följdförseningar förekom på sträckan.