Företaget grundades i Stockholm men i takt med att företaget växte blev platsbristen akut i mitten av 1940-talet. År 1946 köpte företaget cirka 30 000 kvadratmeter industrimark i Boländerna och i juni 1951 hade hela Pharmacia med runt 200 anställda flyttat till Uppsala. Här kunde företaget växa rekordsnabbt och en stor del av den moderna svenska läkemedelshistorien skrevs här. I princip varje Uppsalabo kände någon som jobbade inom företaget.
Under 1980-talet bytte företaget inriktning till att mer fokusera på fusioner och företagsaffärer framför försäljningen av egna produkter. De kommande decennierna kom Pharmacia att genomgå flera fusioner och ägarbyten. År 2002 köptes det som fanns kvar av gamla Pharmacia av Pfizer till priset 60 miljarder dollar. En del av den gamla verksamheten finns kvar i Uppsala än i dag men många menar att försäljningen till Pfizer var spiken i kistan och slutet av en era.