Bakom anklagelsen står Transportstyrelsen. Men Luftfartsverkets (LFV:s) ansvariga hävdar att de inte har gjort något fel.
– Vi har inte låtit flygbolagen betala dubbelt. Däremot har vi dragit ner en fordran på dem, säger Urban Trygg, ställföreträdande generaldirektör på LFV.
Han säger att LFV har använt korrekta redovisningsregler och berättar att de även har konsulterat svenska myndigheter och EU-myndigheter i frågan.
Tillsynsmyndigheten Transportstyrelsen menar å sin sida att alla flygbolag som flyger i det svenska luftrummet har debiterats två gånger för samma tjänst. Bland annat handlar det om kostnader för trafikledning.
Transportstyrelsen har beslutat att inte medge ersättning för dessa 100 miljoner kronor för år 2009.
Tvisten har nu gått vidare till regeringen för utredning. Om LFV blir återbetalningsskyldigt blir det eventuellt också en granskning av vad som hänt 2007, 2008 och 2010. Om LFV förlorar kan summan komma upp i hela 400 miljoner kronor.
Kan det även bli en juridisk prövning av det här?
– Vår bedömning är att det inte blir en juridisk bedömning, utan en politisk. Vi har nyligen lämnat in kompletterande underlag till regeringen, säger Urban Trygg.
Om regeringen också kommer att ta upp andra år till granskning känner han inte till.
– Däremot är det så att vi för 2009 inte har fått de pengar som diskuteras. På grund av finanskrisen har en fordran på flygbolagen på 100 miljoner skrivits ner, säger Urban Trygg.
Luftfartsverkets intäkter består till allra största del av just de inkomster som nu ifrågasätts. Om flygbolagen vinner kan det innebära ekonomisk katastrof för LFV, men det är inget som Urban Trygg vill spekulera i.
Regeringens avgörande väntas komma någon gång i vår.