Flygplatsbolaget kommer att överklaga domen som Mark- och miljödomstolen utfärdade under onsdagen.
Samtidigt är företrädare för Knivsta och Upplands Väsby kommuner försiktigt positiva till det nya miljötillståndet.
– Det är för tidigt att dra några bestämda slutsatser, men av det lilla som jag fått höra hittills känner jag ingen spontan oro för mer bullerpåverkan i vår kommun, säger bland andra Göran Nilsson (M), kommunalråd i Knivsta kommun.
Nervositeten hos flygplatsbolaget Swedavia har varit stor inför beslutet och nu säger man att farhågorna har besannats.
– Det spelar ingen roll för oss att de slopar utsläppstaket eller att vi åläggs att bullersanera fler bostäder, om vi samtidigt blir av med hela 40 procent av vår flygtrafik, vår kärnverksamhet, säger Klas Nilsson, presschef på Swedavia.
Även Sigtuna kommun är missnöjd med beslutet. Här görs bedömningen att domen kan innebära fortsatt mycket buller för Rosersbergsborna.
– Det mest rationella är att ha en jämn fördelning av nyttjandet av rullbanorna, och det kravet kommer vi driva också fortsättningsvis. Sigtuna kommun kommer att överväga ett överklagande, säger Lars Bryntesson (S) som får medhåll av övriga partiföreträdare i Sigtuna.
Det nya tillståndet innebär att utsläppstaket, som inkluderar alla bilresor till och från flygplatsen, slopas med omedelbar verkan. Beslutet innebär också att raka inflygningar till bana 3 får fortsätta att användas, men bara då trafiken är riktigt hög.
– I praktiken innebär det att vi i framtiden nästan alltid måste köra kurvade inflygningar runt Upplands Väsby tätort eftersom vi i dag aldrig kommer upp i det höga antal flygrörelser som anges i domen, säger Klas Nilsson.
Swedavias första beräkningar visar att dagens flygtrafik måste minskas med hela 40 procent.
I Upplands Väsby kommun står dock glädjen högt i tak.
– Beslutet innebär att vi har fått gehör för våra synpunkter och att bullret minskar i tätorten. Vi får nu möjlighet att vidareutveckla bostadsbyggandet, säger bland andra kommunalrådet Per Erik Kanström (M).
I beslutet står också att Swedavia åläggs att vidta bullerskyddsåtgärder vid fler bostäder och skolor än i dag, och att man ska utreda möjligheterna till alternativ bananvändning för att minska bullerexponeringen över Rosersbergs tätort.
Göran Nilsson, Knivsta kommun, tycker att beslutet om Arlandas nya miljötillstånd vid en första anblick känns positivt för Knivsta kommun.
Att Swedavia tvingas vidta bullerskyddsåtgärder vid fler byggnader än i dag kan öppna för att även fler bostadsområden får ta del av detta, i exempelvis Knivsta, tror han.
Göran Nilsson välkomnar också en utbyggnad av Ärna flygplats.
– Jag tror att en utbyggnad av trafiken på Ärna kan vara en möjlighet till en minskning av Arlandas utbyggnadstakt. Arlanda växer för varje år och om de inte får avlastning kan det bli en ohållbar situation till slut för våra omkringliggande kommuner, säger Göran Nilsson.
Han tror att en utbyggnad av Ärna gynnar Uppsalas näringsliv, vilket också kommer Knivstaborna tillgodo.
S i Uppsala vill däremot att Arlanda ska tillåtas att växa mycket mer.
– Det är viktigt att Arlanda, som är ett riksintresse för jobb, tillväxt och kommunikation och Uppsalas största arbetsplats, får tydliga förutsättningar att utvecklas, med hänsyn till gällande miljömål, säger oppositionsrådet Erik Pelling (S).