När församlingen bildades 1877 fanns inte Tierps köping utan det var folk i från byarna Bäggeby, Svanby och Vallby, tillsammans tretton personer, som beslutade att bilda en församling. Redan samma år lägger man grunden till det som 1880 blir Missionskyrkan, nuvarande Hälsohuset på Bäggebygatan. Då, en lokal som rymde tusen personer. 1976 flyttade församlingen till den nybyggda Borgenkyrkan som sedan dess är ett landmärke i samhället.
Församlingen har genom åren haft ett livaktigt barn och ungdomsarbete där scout under de senaste 40 åren varit det mest omfattande.
I dag består församlingen av cirka 200 medlemmar och ett 80-tal barn och ungdomar som är medlemmar i Borgenkyrkan Ung, (före detta SMU).
Nu till helgen, 30 september - 1 oktober, kommer man i kyrkan fira sina 140 år med konserter och gudstjänst. Det börjar på lördagkvällen med en gospelkonsert följt av gudstjänst på söndag förmiddag och en konsert med Norra Upplands Kammarorkester tillsammans med Elisabeth Jörtsö som sångsolist på kvällen. Under helgen kommer man samla in en jubiléumsgåva till biståndsorganisationen Diakonias arbete.