Anledningen till stoppet ska enligt UL ha varit ett signalfel. Vid 08-tiden meddelade Trafikverket att stoppet var över men felet fortsatte att skapa förseningar då endast ett spår har kunnat användas.
Det finns i nuläget ingen prognos för när trafiken kan rulla som vanligt.
Stoppet har lett till flera inställda avgångar för Upptåget mellan Uppsala och Gävle.
Stoppet påverkar även fjärrtågen på samma sträcka.
Klockan 08.15 meddelar Trafikverket att förseningarna uppgår till 50 minuter för både norrgående och södergående tåg från Uppsala centralstation.
Förseningarna ska enligt Trafikverket lätta snabbt.