Mannen greps på tågstationen i Tierp tidigt i lördags morse efter att en annan passagerare larmat polisen.
Sedan dess har han suttit anhållen och häktades på tisdagen.
– Den misstänkta har utfört vissa sexuella handlingar som går att jämföra med samlag och därför rubriceras det som våldtäkt, säger kammaråklagare Annika Bokefors.
Hur ser utredningsläget ut?
– Tingsrätten har häktat honom på sannolika skäl. Utredningen talar för att det blir ett åtal men det kan man ju aldrig veta helt säkert. Vi har en del undersökningar kvar att göra, säger Annika Bokefors.
UNT har sökt den häktade mannens advokat utan framgång.