Lokföraren hann bara uppfatta en kollision med något främmande föremål på spåret mellan Marma och Orrskog och larmade trafikledningen, som vidarebefordrade till räddningstjänsten i Uppsala. Händelsen inträffade vid 17.30-tiden på fredagen.
Det befarades att tåget kört på en eller flera människor och en sökinsats inleddes längs spåret samtidigt som all tågtrafik stoppades. Så småningom stod det klart att tåget kört på två rådjur som hittades döda.
Trafiken släpptes åter fram vid 18-tiden, men Trafikverket räknar med förseningar i trafiken på sträckan mellan Uppsala och Gävle under fredagskvällen.