Den steriltekniska avdelningen vid Akademiska sjukhuset drabbades av söndagens skyfall. Det undre markplanet på sjukhuset blev översvämmat.
Saneringsarbetet har pågått sedan i söndags, och den avdelning som drabbades värst var sterilcentralen.
– Vi har koncentrerat oss på sterilcentralen eftersom att det påverkar verksamheten, sade Mikael Köhler, chefsläkare på Akademiska sjukhuset, under måndagen.
Från sterilcentralen har instrument körts till Enköpings lasarett och till Västerås, men saneringsarbetet har gått fort framåt.
– Vi kommer att kunna ha igång den normala driften från med torsdag. Fram till dess är vi såklart väldigt beroende av Enköping och även Västerås, säger Mikael Köhler på tisdagen.
Akademiska sjukhusets verksamhet har i övrigt pågått som planerat och man har inte behövt ställa in några operationer.