När länsstyrelsens miljöprövningsdelegation prövade verksamheten 2011 ställdes krav på att bolaget ska köpa in fordon med låga avgasutsläpp för att minska utsläppen av växthusgaser i luften. En handlingsplan ska dessutom upprättas för att minska utsläppen från marktransporter och Uppsala Airport ska tvingas införa en startavgift som gynnar flygplan med låg utsläpp.
Bolaget ska dessutom erbjuda sina resenärer gratis kollektivresor som alternativ till att ta bilen.
Uppsala Airport har rätt att göra 23 400 start- och landningar om året, av dem får 15 000 göras med tunga passagerarplan. Trafik tillåts mellan klocka 06-23 på vardagar och mellan 07-23 på helger. Plan som är försenade tillåts dock landa ändå.
Trots trafikökningen så räknade miljöprövningsdelegationen med att bara 60 personer kommer att drabbas av förhöjt buller.
För att minska risken för att föroreningar kommer ut i vattnet ska försvaret, som äger anläggningen, kontrollera att bly, kadmium, kväve fosfor och andra miljöskadliga ämnen inte släpps ut i Fyrisån. Försvaret ska också se till att inte något av den glykol som hanteras vid flygplatsen släps ut i vattnet.