Här jagar de covidmutanter med Ackis nya "fiskekrokar"

Region Uppsala har hittat på ett knep för att jaga reda på virusmutationerna, och nu är tekniken på plats för att analysera tio tusen tester i veckan. "Det är inte så svårt", säger Anders Bergqvist, mikrobiolog på Akademiska sjukhuset.

Anders Bergqvist, mikrobiolog jobbar med klinisk mikrobiologi på Akademiska sjukhuset.

Anders Bergqvist, mikrobiolog jobbar med klinisk mikrobiologi på Akademiska sjukhuset.

Foto: Bilbo Göransson

Uppsala2021-03-14 05:01

Samma maskin som analyserar PCR-provet kan även leta efter mutationer i S-genen på samma gång. Med fiskekrok-sonderna kan man snabbt ta reda på om viruset saknar S-genen och därmed troligen är en mutation. 

Hur många prover har ni utfört med den nya tekniken?

– 20-35 per dag, uppskattningsvis hittills drygt 300 prover sedan den 26 februari.

Varför var ni tvungna att utveckla ett eget system istället för att använda ett redan fungerande system?

– Dels för ökad flexibilitet, detta är rörlig materia ock kräver frekventa uppdateringar. Dessutom fanns det inte några tillförlitliga system tillgängliga.

Labbet har dessutom utvecklat ett system för helgenomsekvenseringar. Det innebär att man kan ta fram data om alla virusets beståndsdelar på en och samma gång. På det viset kan man upptäcka eventuella framtida mutationer i coronaviruset, som ännu inte finns ännu, betydligt snabbare.

Det måste ju varit jättesvårt att uppfinna?

– Nej, det var faktiskt väldigt enkelt, säger Anders Bergqvist.                                                

Varför S-genen är viktig

Sjukvården kämpar med att hinna vaccinera så många som möjligt innan viruset muterar för mycket.

Tack och lov gör en variation i viruspartikelns "taggar" att mutationerna är lätta att spåra. Coronaviruset har taggar som består av protein och s-genen kodar för ett sådant protein. Den brittiska varianten saknar S-genen.

Bara en procent av vanligt coronavirus, men hundra procent av de brittiska viruset saknar S-genen. Det gör att andelen med S-genen är ett pålitligt mått för mutantvirus.

Så jobbar vi med nyheter  Läs mer här!