Väktare larmade polisen vid 02.50-tiden. Gärningsmännen hade krossat en ruta för att ta sig in.
Det är än så länge oklart vad som stulits, men polisen tror att det rör sig om alkohol.
Platsen har spärrats av och en teknisk undersökning ska genomföras.
Inbrott på Lassemajas krog
Lassemajas krog på Sernanders väg i Uppsala utsattes för inbrott under natten mot onsdagen.
Så jobbar vi med nyheter