En sten träffade bussens framruta så att en stor spricka uppstod, men bussen kunde ändå fortsätta att åka mot Östhammar. Bussen var vid tillfället full med passagerare, men ingen kom till skada.
Ungdomarna, som bedöms vara 15-18 år gamla, lämnade bron i riktning från Lindbacken och norrut.
En polispatrull sökte av området efter händelsen men utan att påträffa de tre ungdomarna.
– Det är extremt illa att man gör något sånt. Just väg 288 är en väldigt hårt trafikerad väg och det hade kunnat gå väldigt, väldigt illa, säger Magnus Jansson Klarin, polisens presstalesperson.
Polisen uppmanar alla som bevittnat händelsen eller vet vilka pojkarna kan vara att ringa till polisen. Polisen kommer även att undersöka om ungdomarna fångats på övervakningskameror.