Lagen förbjuder säljare att ta ut avgift vid betalning med konto- eller kreditkort. De tre företagen, Mr jet, Travel store och Wizz air, ska svara på verkets påpekande senast den 22 september.
Många anmälningar om kortavgifter har också lämnats in mot flygbolagen Ryanair och Norwegian, men eftersom de följer bestämmelserna i sina respektive hemländer kan inte Konsumentverket agera.
– Den nya lagstiftningen är bra, men tyvärr tvingas vi konstatera att vissa bolag kan fortsätta att ta ut kortavgifter genom att hänvisa till ett annat lands lag. För konsumenten blir det svårt att förstå när avgifter kan tas ut och inte, säger Agneta Broberg, ställföreträdande Konsumentombudsman.