Företaget som äger anläggningen hanterar främst grov-bygg- och industriavfall.
Räddningstjänsten larmades strax innan klockan 13.
– Det var personal på plats som upptäckte branden, säger Jasmine Eklund, tjänsteman i beredskap på Uppsala vatten.
Exakt vad som brann kunde räddningstjänsten inte avgöra men enligt ledningsoperatör Henrik Jynnersjö fanns inga uppgifter om att det brandhärden innehöll något farligt avfall.
– Fast ingen rök är ju bra att andas in, säger han.
Ytan som brann mätte uppskattningsvis 20 gånger 100 meter och initialt arbetade räddningstjänsten med att förhindra spridningsrisken, främst till en närliggande skog.
När arbetet var som mest intensivt var det fem styrkor på plats.
Rök syntes från branden över stora delar av Uppsala under de timmar branden pågick.
Uppsala vatten stoppade all trafik på väg in till området av säkerhetsskäl. Minst fem lastbilar med bygg- och industriavfall hindrades under ett kort tag att köra in på området men fick grönt ljus efter ett tag.
Strax före klockan 15.00 konstaterade räddningstjänsten att släckningsarbetet gick helt enligt plan.
– Det går väldigt bra och vi kommer att kunna lämna redan under eftermiddagen, säger ledningsoperatör Henrik Jynnersjö.
Även polisen var på plats och skrev en anmälan om brand utan misstanke om brott.