Häktesförhandlingarna mot mannen i 50-årsåldern inleddes klockan 11 på tisdagen. Strax efter klockan 11.30 häktades mannen på sannolika skäl misstänkt för våldtäkt. Mannen nekar till brott.
Åklagare Maja Kullinger säger till SVT Nyheter Uppsala att bevisläget är "ganska gott" men att de ännu avvaktar en teknisk undersökning och att fler förhör ska hållas.
Åtal ska vara väckt den 24 januari.
Den misstänkta våldtäkten ska ha inträffat den 3 januari i år. Anmälan nådde polisen först den 6 januari efter att Akademiska sjukhuset kontaktat polisen. Detta då den minderåriga pojken uppsökt sjukhuset för vård.
Mannen greps den 7 januari.
Enligt polisen ska mannen och pojken vara bekanta.