Det påverkade främst södergående pendeltåg mellan Uppsala och Södertälje och Märsta-Södertälje.
Reparatörer kallades till platsen och vid 18-tiden ska felet vara avhjälpt, men resenärer får räkna med följdförseningar.
Strax före klockan 17 rådde förseningar i pendeltågstrafiken på grund av ett signalfel i Älvsjö, men detta är åtgärdat.