Spårfelet påverkade SL pendeltåg på sträckan Uppsala/Märsta - Södertälje. Förseningarna var på upp emot 30 minuter, enligt SL. Ett signalfel ställde också till det i tågtrafiken mellan Knivsta och Uppsala, uppgav Trafikverket.
Strax efter klockan 07 ska tågtrafiken åter börjat rulla, men det kommer att vara följdförseningar under morgonen.
På onsdagsmorgonen trafikerar pendeltågen dock åter igen vid Stockholm city och Odenplan efter gårdagens signalfel vid Stockholm city, uppger SL.