Rättegångsförhandlingarna skulle avslutas på torsdagen. På morgonen hade dock åklagaren kallat ett nytt vittne vilket bidrog till fördröjning.
– Det innebär att vi inte kommer kunna avsluta förhandlingarna i dag, säger 16-åringens försvarare Anders Wallin.
Pojken står åtalad för två fall av våldtäkt mot barn. Den första våldtäkten ska ha skett mot en 13-årig flicka för drygt ett år sedan. Enligt stämningsansökan ska den 16-årige eleven haft skälig anledning att veta att brottsoffret var under 15 år.
I oktober i fjol, ska 16-åringen ha begått ytterligare en våldtäkt mot en 14-årig flicka.
I samband med rättegången har en hotfull stämning piskats upp i sociala medier och en stark oro har funnits på skolan där pojken studerar. Säkerhetspådraget var därför stort och två polispatruller var på plats vid Uppsala tingsrätt under torsdagens förhandlingar som skedde bakom stängda dörrar. Det ska dock ha varit lugnt på platsen.
– Vad jag vet upplever min klient hot mot sig själv. Det har figurerat en del uppgifter om honom på vissa sajter och det finns en hotbild mot den här killen, säger Anders Wallin till 24Uppsala.
LÄS MER: Hot efter misstänkta våldtäkter på skola
LÄS MER: Hotbild kvarstår mot Uppsalaskola
Förra helgen ska även personal från socialtjänsten ha funnits på plats i stadsdelen där den berörda skolan ligger i syfte att lugna ner stämningen.
Pojken nekar till anklagelserna som riktats mot honom.