Anledningen till störningarna är problem med strömförsörjningen, uppger Trafikverket.
SJ:s regionaltåg ska enligt Trafikverket gå via Arlanda i stället för via Märsta.
En del av SL:s pendeltåg är dessutom inställda på sträckan Rosersberg-Märsta, tågen går i halvtimmestrafik och SL har satt in ersättningsbussar för att förstärka.
Vid 13.30-tiden meddelar Trafikverket att prognosen på när felet kan vara åtgärdat är klockan 19.
Texten uppdateras.