Bommarna hade fastnat på trekvarten och gick inte att få upp. Händelsen inträffade klockan 11.40.
Reparatörer kallades till platsen, men först vid 14-tiden var problemet åtgärdat.
Bilisterna fick under tiden problemet pågick vänta eller köra en annan väg.
Tågtrafiken mellan Uppsala-Sala och vidare norrut påverkades inte nämnvärt.
- Tågen kommer förbi men får köra med reducerad fart över övergången, säger Monica Näslund på Trafikverkets pressjour.
Tidigare i veckan var det också problem med bommarna på Börjegatan.
- Då bytte reparatörerna en komponent i systemet som driver bommarna.