Orsaken till problemen var, enligt Trafikverket, ett omfattande elfel som helt stoppade tågtrafiken på sträckan Älvsjö - Flemingsberg, något som bland annat berörde pendeltågstrafiken Södertälje C/Tumba-Märsta och omvänt.
Fjärrtåg norr och väster om Stockholm C påverkades endast i mindre omfattning.
Orsaken till stoppet var ett elfel som orsakats av en brand mellan Stuvsta och Huddinge.
Tidigt på torsdagsmorgonen meddelade Trafikverket att tågtrafiken åter rullar.