Signalfelet påverkarde SL:s pendeltåg linje 40 och 41, Arlanda Express samt tågen mellan Stockholms central och Uppsala.
Trafikverket meddelade vid klockan 07.45 att signalfelet var åtgärdat men skapade då följdförseningar på upp till 40 minuter.
Vissa tåg var även inställda.
SL:s pendeltåg var också av försenade på grund av ett trasigt tåg på sträckan mellan Flemingsberg och Huddinge.
Vid 09-tiden rullade i princip samtliga tåg enligt tidtabell, enligt Trafikverket.