Regionaltåg mellan Uppsala och Stockholm samt Arlanda express berördes av stoppet men inte pendeltågen, enligt Trafikverket.
Även tåg från vagnhallarna berördes, vilket gjorde att förseningar från övriga tåg som skulle avgå från Stockholm C påverkades.
Orsaken var ett omfattande signalfel.
Trafikverket uppger att det kan uppstå följdförseningar. Det finns också risk för att tåg ställs in mellan Stockholm och Uppsala och Arlanda Express.