Följdförseningar är att räkna med under större delen av kvällen efter det tidigare tågstoppet.
Olyckan inträffade vid klockan 17.50 på torsdagen i närheten av moskén i Uppsala.
- Det har inträffat en olyckshändelse som gör att all tågtrafik norr om Uppsala är stoppad tills vidare, sade Bengt Olsson, presschef på Trafikverket vid 18-tiden.
Klockan 19.15 kunde Räddningstjänsten bekräfta att en olycka hade inträffat i närheten av moskén i Uppsala. Polis, ambulans och räddningstjänst befann sig platsen.
Stoppet berörde alla slags tåg och flera avgångar ställdes in.
Trafikverket uppmanar resenärer med frågor om sin resa att kontakta det aktuella trafikföretaget.