Det var vid 01.30-tiden som en ordningsvakt på en krog i närheten slog larm till polisen om att fyra män hoppat på de två männen, både 26 år gamla, och misshandlat dem med sparkar och slag.
Polisen kom till platsen och kunde gripa tre av gärningsmännen. Den fjärde uppges fortfarande vara på fri fot.
De två 26-åringarna fördes med ambulans till Akademiska sjukhuset med allvarliga skador, enligt Uppsalapolisen. En av männen ska ha brutit foten i samband med misshandeln.
De gripna gärningsmännen, alla i 20-årsåldern, förhördes under söndagsmorgonen och anhölls senare misstänkta för misshandel.