Doctrinagymnasiet, som gav energi- och elutbildningar, startade höstterminen 2006.
I och med att Skolverket beviljade tillstånd var kommunerna skyldiga att betala ut elevpengen som uppgick till cirka 100 000 kronor per elev och år.
Ett av de viktigaste kraven för att Skolverket ska ge tillstånd åt en friskola är stabil ekonomi.
När Doctrinas ansökan behandlades av Skolverket hade rektorn Peder Björk 157?000 i skulder något myndigheten inte beaktat.
I december 2006 noterade dock Skolverket att han hade flera betalnings-
anmärkningar. I januari 2007, ett halvår efter starten, ställde Doctrina in hyresbetalningarna.
I juni 2007 konstaterade Skolverket att Doctrinabolaget var placerat i högsta ekonomiska riskklass, inte hade betalat sina skatter och inte registrerats för arbetsgivaravgifter.
I juli 2007 skrev Peder Björk till Skolverket att de ekonomiska problemen berodde på en vattenskada men nu var det ordnat. "Allt ser mycket ljust ut för Doctrinagymnasiets fortsatta verksamhet" meddelade han.

Ursprungligen drevs Doctrina av ett handelsbolag vilket innebär att företrädarna har ett personligt ekonomiskt ansvar. Därför var det ur Skolverkets synvinkel extra viktigt att Peder Björk personliga ekonomi var välskött.
Sommaren 2007 visste Skolverket att Kronofogden ville försätta Peder Björk i personlig konkurs. Trots de ekonomiska frågetecknen kring bolaget lyckades han få fram 212 000 kronor för egen del och undkom personlig konkurs.
De arbetsgivaravgifter som det ursprungliga Doctrinabolaget självmant betalade in för de anställda kom att uppgå till totalt 502 kronor. Resten fick Kronofogden försöka driva in sedan Skatteverket flera gånger tvingats skönstaxera bolaget. Trots att elevpengar strömmade in från en rad kommuner lyckades inte kronofogden alltid få tag på några pengar.

I april 2008 informerades Skolverket om att Peder Björk hade 70 betalningsanmärkningar, fortsatta skulder hos kronofogden och att hans senaste årsinkomst uppgick till 40 000 kronor.
För handelsbolagets del fanns skatteskulder på 600?000 kronor och kreditvärderingsintyget hade nu försetts med en symbol i form av en alarmklocka. Bolaget hade placerats i högsta riskklass O, obestånd.
Uppgifterna hade kommit fram när Peder Björk ansökt om att få överföra verksamheten från handelsbolaget till ett nytt Doctrinabolag. Trots de allvarliga anmärkningarna hade Skolverket inget att erinra utan gav i maj 2008 klartecken till kommunerna att fortsätta betala ut bidrag till det nya bolaget.
I sitt beslut hänvisade Skolverket till en budget från Doctrina som visade att det nya bolaget väntades göra en vinst på 14 miljoner kronor under de tre närmaste åren.
Handelsbolaget, där verksamheten till dess bedrivits, försattes i konkurs i juni 2008 med en skatteskuld på 758 000 kronor. De anställda flyttades över till det nya Doctrinabolaget där problemen fortsatte.

Redan i maj 2007 hade Uppsala kommun bett Skolverket göra en skyndsam tillsyn av Doctrina. Först elva månader senare genomfördes tillsynen och i september 2008 kom Skolverket med sin rapport. Utbildningens genomförande, rektors ansvar med mera gavs betyget "mindre god kvalitet".
Innan inspektionen hade Skolverket sett att bolaget hade en skuld på 358 000 kronor hos fogden men skolledningen hävdade att den betalats precis före besöket. Skolverket konstaterade dock att det tio dagar efter inspektionen fanns en skuld på 247 000 kronor.
Men detta ansågs vara historia i och med att verksamheten nu fortsatte i ett nytt bolag och Skolverket bedömde att skolans ekonomiska stabilitet var av "god kvalitet".
Tillsynsansvaret övertogs av Skolinspektionen som tre månader senare, i december 2008, konstaterade att det nya bolaget ännu sju månader efter starten inte hade registrerats för arbetsgivaravgifter. Det innebar att skolan drevs av ett bolag som i formell mening inte hade rätt till bidrag. Dessutom hade Peder Björk fortfarande stora skulder, det fanns konkursansökan mot honom etc.
I juni 2009 ville Skolinspektionen veta hur Doctrina tänkte hantera sin svaga ekonomi. Men då hade Uppsala kommun fått nog och fattade det unika beslutet att vägra betala ut mer skolpengar.

Den 7 augusti 2009 försattes Doctrina Gymnasiet i Uppsala AB i konkurs. Skolinspektionen hade gett Doctrina fram till den 10 augusti på sig att redovisa ekonomiska åtgärder. Men det datumet var konkursen ett faktum sedan tre dagar.
Bolaget hade inte betalat in en enda krona i arbetsgivaravgifter sedan starten. Men det däremot hade
miljontals kronor i elevpengar betalats ut till Doctrinabolag som inte haft F-skattsedel, något varken kommunerna eller Skolinspektionen verkar h a kontrollerat. Dessutom hade elevpengarna utbetalats till ett bolag som saknade tillstånd att bedriva friskola, vilket är emot reglerna.
De konkursade Doctrinabolagen efterlämnade skulder på totalt cirka 8 miljoner kronor och ett 50-tal
fordringsägare som inte fått betalt. Och 120 elever som ställdes utan utbildningsplats.