Vissa av dem har varit fast ute till havs i över två veckor.
Hjälporganisationerna som tar hand om migranterna på tre olika fartyg, har slagit larm om försämrade förhållanden ombord.
Italiens nya inrikesminister Matteo Piantedosi hävdar att hjälporganisationerna bröt mot regler genom att inte koordinera insatserna, vilket ger Italien rätt att stänga hamnarna. Nuvarande infrastrukturministern Matteo Salvini är känd för sin negativa inställning till hjälporganisationer från sin tid som inrikesminister i landet.
Samtidigt släpper italienska myndigheter i land migranter som räddats av italienska patrullbåtar. Bland dem är 456 människor som fick gå i land i Kalabrien under torsdagen.