25 "terrorister" dödades i måndags, söder om staden Diffa i sydöstra delen av landet medan 50 stycken "neutraliserades" samma dag i området kring Tchadsjön, enligt departementet, som uppger att de två insatserna utfördes av en regional anti-jihadiststyrka.
Ett fordon, fyra motorcyklar, vapen, ammunition och annan materiel för militära ändamål beslagtogs, enligt departementets uttalande.
Jihadister dödade två soldater i ett anfall utanför Diffa 3 maj och i lördags utfördes en annan attack i området.
Boko Haram har krigat i ett decennium i sin kamp för ett kalifat. Rörelsen har främst varit aktiv i Nigeria, men utför även attacker i gränstrakterna i Tchad, Niger och Kamerun.
Sedan 2009 har Boko Harams våld krävt över 36 000 människors liv och tvingat nästan två miljoner människor på flykt.