21 jihadister uppges ha dödats.
De två grupperingarna planerade attacker under den muslimska högtiden id al-fitr, som i Egypten inleds på söndagen, enligt ett uttalande från inrikesdepartementet.
Vapen och bombbälten hittades på gömställena.
Polisen slog till under lördagen. Skottlossning bröt ut och två poliser skadades.
I början av maj gjordes en liknande räd i Bir al-Abd i norra Sinai. Då dödades 18 misstänkta islamister.
Säkerhetsstyrkorna har länge försökt slå ner det jihadistiska upproret i norra Sinai, som trappats upp sedan president Mohammad Mursi, från Muslimska brödraskapet, avsattes 2013.
Mängder av poliser, militärer och misstänkta jihadister har sedan dess dödats och i februari 2018 inledde Egypten en större offensiv för att kväsa upproret.