Den svenska landslagsbacken blev framspelad av Jobe Bellingham i den 36:e minuten och gjorde matchens enda mål.
Det var en svensktät drabbning där både Gustav Ludwigson och Darijan Bojanic startade i sydkoreanska Ulsan Hyundai, som sedan tidigare är utslaget ur turneringen.
För Dortmund väntar nu åttondelsfinal där motståndaren ännu inte är klar.