Matchens enda mål stod Elmin Memic för i andra halvleken.
Segermålet för Sirius stod Elmin Memic för efter 82 minuter.
Sirius har nu tre matcher i rad utan insläppt mål.
Det här betyder att Malmö FF nu ligger på 13:e plats i tabellen, och Sirius är på första plats.
Lagen ställs mot varandra på nytt den 20 september på Lötens IP.
Nästa motstånd för Sirius är GIF Sundsvall. Lagen möts lördag 19 april 13.30 på Studenternas.