Bernard Acheampong slog till på övertid och blev matchhjälte med sitt 3-2-mål.
Hammarby tog en tidig ledning. Oskar Moczarny slog till, redan i 16:e minuten.
Sirius kvitterade till 1-1 i slutminuterna av första halvlek, genom Hjalmar Teixeira Gomes. Sirius gjorde också 1-2 i 55:e minuten när Viktor Nilsson Gärd slog till.
Det såg länge ut att gå mot seger för Sirius. Med sju minuter kvar att spela kvitterade Hammarby genom Bernard Acheampong.
Det matchavgörande målet kom på tilläggstid, när Bernard Acheampong på nytt slog till och gjorde 3-2 för Hammarby.
Hammarby har tre segrar, en oavgjord och en förlust och 16-6 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Sirius har två vinster, två oavgjorda och en förlust och 12-7 i målskillnad.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, Hammarby på fjärde plats och Sirius på tredje plats.
Lagen möts igen 9 augusti på Lötens IP.
Nästa motstånd för Sirius är Halmstad. Lagen möts lördag 17 maj 13.30 på Lötens IP.