Andy Tsai förlorade en tajt och jämn femsetare mot Felix Burestedt efter att ha haft två matchbollar i fjärde set.
I femte och avgörande set vann Burestedt med 11–8 och gav Halmstad ledningen med 3–1.
Därmed försvann Fyrisfjädern – som saknade Victor Svendsen och Mathias Bay-Smidt – chans till seger utan golden set och avancemang till andraplatsen.
– Vi visste att det skulle bli en tuff match och vi gjorde vad vi kunde men det var inte vår dag. Det var jämnt i Andys match och matchen hade kanske blivit annorlunda om han vunnit, säger Julie Dawall-Jakobsen.
Hon vann först damdubbeln tillsammans med Moa Sjöö med 3–1 i set och danskan tog över hem damsingeln mot sin landsmaninna Irina Andersson som tvingades lämna walkover efter ett set på grund av skada.
Men när Henri Hurskainen/Adam Gozzi förlorade avslutande herrdubbeln säkrade Halmstad segern med 4–2.
– Det kändes bra för mig del, jag har spelat en del med Moa och vi har hittat varandra på banan. Det har blivit lättare och bättre ju mer vi spelat ihop, säger Julie Dawall-Jakobsen.
Fyrisfjädern behövde vinna med minst 4–2 för att ta sig förbi Halmstad men slutar trea i grundserien. Därmed tar de med en sig poäng till Mellanserie A där de två bäst placerade lagen går direkt till semifinal.
– Vi har inte spelat med vårt bästa lag ännu och kan bättre. Jag tror att vi har en bra chans i nästa runda och fortsättningen, säger Julie Dawall-Jakobsen.
Matchfakta
Fyrisfjädern–Halmstad 2–4